Spordikooli rajamisest Viljandisse hakati rääkima juba 1934-35.aastal. Tol ajal Soomes tegutsevate spordikoolide järele kavatseti samatüübiline kool luua esmajoones Viljandi enda sportlaste tarvis. Hiljem arvati, et kooli võiks kasutada kogu Eesti sportlaskond. Viljandis puudus aga spordikoolile vajalik põhibaas – võimla. Viljandi Linnavalitsus palus võimla ehituseks vajamineva raha planeerida riigi eelarvesse. Raha ei saadud, võimla jäi ehitamata ja spordikool vaid unistuseks.
Ajavahemik 1930-1940 oli Viljandi spordi arengus tähtis etapp. Tegutseti põhimõttel – igasse valda oma spordiühing. Sportlik eluviis iga inimeseni. Sellel ajavahemikul jõudsid kerge- ja raskejõustik, suusatamine, ujumine, laskmine, osalt ka pallimängud vabariigi tipptasemele. Teine maailmasõda pillutas meie sportlaste ja organisaatorite pere laiali- kes langes lahingus, kes viidi Siberisse, kes pääses läände.
1944-1945 aastavahetusel, kui sõjarinne oli Eestimaalt lahkunud, hakati koondama järelejäänud sportlasperet ja rajama uut organisatsiooni. Viljandi koolinoored esinesid edukalt koolinoorte spartakiaadi kergejõustiku, võimlemise ja jalgpalli võistlustel. Oli inimesi, kes oskasid treeningtööd organiseerida, oli tahtmine ja huvi oma spordiala vastu.
Tänu tolleaegse Spordikomitee õppe-spordiosakonna juhataja Vaike Kõressaare aktiivsusele, leiti Tääksi koolist kõrgema eriharidusega kehalise kasvatuse õpetaja, Viljandi parim võrkpallur, vabariigi tasemega tennisist, head sugtlemisoskust omav pedagoog Leida Randmer, kellest sai Viljandi Spordikooli esimene direktor.
14. novembril 1946.a. kogunesid spordikomitee ruumidesse esimesele töökoosolekule Viljandi Spordikooli esimesed töötajad direktor Leida Randmer, treenerid Raoul Üksvärav, Edgar Jõesaar, Elmar Ardma, August Kukk, arveametnik Valve Muul. Kohal olid ka Haridusosakonna esindajad Vaike Kõressaar ning Juho Heinmäe. Otsustati alustada spordikooli tööd viies osakonnas. Võimlemise treeneriteks said Ellen Järvekülg ja Elmar Ardma, korvpalli treeneriteks Edgar Jõesaar ja Raoul Üksvärav, suusatreeneriks August Kukk, raskejõustiku (poksi) osakonna treeneriks Juho Heinmäe, uisutamise osakonna treeneriks Julius Mager. Viimased kaks tegelikult tööle ei hakanud. Osakonnad töötasid hooajaliselt. Nii alustas võimlemistreener Elmar Ardma järgmisel kevadel tööd kergejõustiklastega, Leida Randmer tennisistidega, Jüri Tibarist sai esimene ujumistreener. Treeningtunnid toimusid tavaliselt 2 korda nädalas. Et treenerid olid kõik kohakaasluse alusel töötajad, siis vaheldusid nad esimestel aastatel tihti. Õpilased suunati ühest osakonnast teise, et neil oleks tegevust aastaringselt. Veidike kannatas spordimeisterlikkus, kuid tagatud oli hea üldfüüsiline ettevalmistus, mille pealt korvpalliosakonna õpilased Raoul Üksvärav ja Heino Remmel ning võimleja Bruno Põder arvati vabariigi koondvõistkonda jalgpallis.
1947.a. Koolinoorte Spartakiaadi jalgpallivõistlustelt toodi kaasa II koht. Korvpallis tuli võistkond koolinoorte meistriks 1949.aastal. Ujumises, tennises ja jalgpallis saavutati samal aastal III koht, sportvõimlejad jäid neljandaks.
30. novembril 1949.a. otsustati õppenõukogu koosolekul anda pidulikult välja lõputunnistused spordikooli I lennu lõpetajatele. 16. detsembril toimus aktus. Esimese lennu lõpetajateks olid 9 korvpalli, 5 võimlemise, 5 kergejõustiku, 7 ujumise ning 4 jalgpalli osakonna õpilast.
Suures sportimislustis kasvas spordikoolis harrastatavate alade arv kuni 1954.aastani. 1954/55. õppeaastat alustasid 14 spordiala treeninggrupid.
Edukalt esinesid meie sportvõimlejad, kelle tegevus spordikoolis kestis 25 aastat (1946-1971). Viljandist sirgunud sportvõimlejad pääsesid vabariigi koondvõistkonna liikmeteks, võitsid esikohti ja medaleid vabariigi noorte ja koolinoorte esivõistlustelt.
Ujujatel jätkus tegevust Viljandi Spordikoolis 22 aastaks (1947-1969). Tennist mängiti kuni 1965.aastani. Veel on viljandlastel olnud võimalus spordikoolis õppida kiiruisutamist, iluuisutamist, jäähokit, poksi, vehklemist. Pikka aega on spordikoolis õpetatud ka malemängu, aastast 1973 kuni 1989.
1. oktoobril 1950.a. direktoriks asunud Ellen Järvekülg hakkas spordikooli kujundama tõelise kooli sarnaseks. Selleks korraldati ühisüritusi, pidulikke koosolekuid, võistlusi, alustati seina ja fotolehe väljaandmist. Nii kasvas kollektiivsustunne, tugevnes ditsipliin. Treenerid hakkasid tööle põhikohaga, täienes eriharidust omav kaader, osakonnad töötasid aastaringselt. Kõige selle tulemusena muutus töö kvaliteetsemaks.
20. jaanuarist 1957.a. direktoriks kinnitatud Himma Kama sai soolaleivapidu pidada 1959.a. avatud Viljandi Spordihoones, millest on saanud spordikooli põhiline treeningbaas tänaseni.
1962.aastast alates hakati haarama spordikooli töösse ka väljaspool Viljandit elavaid õpilasi. Avati spordikooli osakonnad Suure- Jaanis, Abjas, Mustlas. Õpilastele organiseeriti töö- ja spordilaagreid nii talvisel kui suvisel koolivaheajal.
Direktori innustusel, noorte spetsialistide töö tulemusel ja harjutustingimuste paranemisel saab Viljandi Spordikoolist Eestimaa suurim ja häid saavutusi omav spordikool. 1965.aastal kuulus vabariigi koolinoorte koondvõistkondadesse 24 Viljandi Spordikooli õpilast, 1966.aastal 15 õpilast, 1967.a. 22 õpilast.
Järgmine tähtsündmus Viljandi Spordikooli ajaloos on oma spordibaasi saamine ja väljaehitamise alustamine 1967.aastal Loodis.
10. maist 1967.a. asus spordikooli tööd juhtima Arvo Toots.Treenerite ja õpilaste ühistööna langetati ja veeti kohale palgid ujula tarbeks, sisustati endine Loodi Algkool laagri läbiviimiseks vajaliku inventariga, rajati palliplatse ja jooksuradu treeningute läbiviimise tarvis.
20. novembril 1966.a. Viljandi Kultuurimajas peetud spordikooli 20. aastapäeva juubeliaktusel heideti pilk möödunule, autasustati edukamaid ja teenekamaid, kuulati, vaadati etteasteid spordikooli õpilastelt ning tantsiti. Ka kohalikus ajalehes valgustati spordikooli 20-aastast tegevust, vahetult enne juubeliaktust oli selleks eraldatud koguni 2 külge leheruumi.
Sama aasta suvel puhkas ja harjutas Loodi baasis 205 õpilast.
Direktor Arvo Tootsil oli võimalus 20. novembril 1971.a. heita pilk tagasi spordikooli 25. tegevusaastale, korraldada vastavasisuline näitus spordihoones ning kultuurimajas, tähistada spordikooli 25-ndat tegevusaastat mitmete spordivõistlustega. 20. jaanuaril 1972.a. viidi ta üle Tallinna Haridusministeeriumi käsutusse. Mõned järgnevad aastad kulusid uue direktori otsingutele. 25. augustiks 1975.a. ta ka leiti. Ametisse asus Edgar Mitt. Palju energiat kulus NLKP ja Nõukogude valitsuse otsustest tulenevate viisaastakute plaanide väljatöötamisele, abinõude, plaanide väljatöötamisele õpilaste kommunistliku kasvatuse ja spordimeisterlikkuse tõstmise osas, aruannete koostamisele järgusportlaste ettevalmistamisest ning treenerite töötulemuste hindamiseks.
Palju tööd tuli teha Loodi baasi töökorda viimisel ja töökorras hoidmisel, esimesele baasile 1979.a. lisandunud Paalalinna Gümnaasiumi juures asuva kilehalli ekspluatatsioonis hoidmisel, suusatreenerite poolt juba varem treeninguteks kasutatud Holstre-Polli suusakeskuse väljakujundamisel.
Spordikooli ühe peaülesande – õppe-treeningprotsessi täiustamise ja kvaliteedi tõstmise täitmiseks jõuti kokkuleppele ning avati esmakordselt meie maakonnas 1976/77. õppeaastal spordiklassid Maagümnaasiumis (suusatamine), Jakobsoni Gümnaasiumis (võrkpall), Paalalinna Gümnaasiumis (kergejõustik).
Esmakordselt spordikooli ajaloos täitis NSV Liidu meistersportlase normatiivi spordikoolis õppimise ajal suusatamisosakonna õpilane, 1977.a. paprim lõpetaja Pille Paal Vaiksaar.
Spordikooli õpilaste arv ületab aastaks 1980 esmakordselt 1000 piiri.
Ka kahel järgmisel direktoril, 20. augustist 1984.a. ametisse asunud Olaf Vaheril ning 26. augustist 1989.a. kooli juhtinud Jaanus Päivil, tuli palju tegelda aruandlusega. Lisaks kerkis esile rida majandusküsimusi, mis kõik ootasid lahendamist. Väljavahetamist vajas amortiseerunud kilehall, kapitaalremonti Loodi Spordibaas, edasist väljaehitamist Holstre- Polli Suusabaaas. Alustati spordikooli uueks baasiks mõeldud hoone remonti Lossimägedes. Pidevalt oli mure bussi, veoauto, traktori, niiduki jm. käigushoidmisega.
1986.aastast alates on toimunud suur reorganiseerimine.
Kõigepealt liideti kaks suurt spordiühingut “Jõud” ja “Kalev” 1987.aastal. See tõi kaasa ka Tarvastu ja “Kalev” Spordikooli liitmise 1991.a.
1994.a. jaanuaris leidis aset veel üks spordikoolide ühinemine. Viljandi Maakonna Spordikooli ja Tarvastu Spordikooli liitmisega tegutseb 1. veeruarist 1994.a. Viljandi Spordikool. 01. jaanuarist 2000.a. liitus Viljandi Spordikooliga ka Päri Spordikool. Ühinenud spordikooli direktoriks kinnitati 01.02.1994.a. Urmas Müür.
Viljandi Spordikoolis on tegeldud alates 1994. aastast 16-ne spordialaga: aerutamine, akadeemiline sõudmine, ilu- ja rühmvõimlemine, jalgpall, judo, kergejõustik, korvpall, käsipall, laskmine, lauatennis, suusatamine, suusatamise kahevõistlus, tennis, vabamaadlus, vibulaskmine, võrkpall. Tuhatkond õpilast on leidnud endale meelepärase sportimisvõimaluse.
Esimese medali juunioride Euroopa meistrivõistlustelt tõi Viljandisse värskelt spordikooli lõpetanud Mari-Liis Graumann. 08. 08. 2000.a. Saksamaal toimunud rannavõrkpalli juunioride EM ´il saavutas paar Mari - Liis Graumann, Anna - Liisa Sutt (Pärnu) pronksmedali.
Esmakordselt spordikooli ajaloos tõid õpilased koju medalid juunioride Maailmameistrivõistlustelt 2005.aastal. 18. 06. Tšehhis Plzenis toimunud I Juunioride Mailmameistrivõistlustelt rühmvõimlemises naases pronksmedalitega spordikooli võimlemisrühm koosseisus Kristel Eismann, Kairi Jaksi, Kristina Lepik, Anita Kivest, Matleen Makko, Nele Sõstra, Rita Tubarik jaMarjana Tõnisson. 03. - 06. 08. Saksamaal Brandenburgis toimunud juunioride Maailmameistrivõistlustel sõudmises võitis pronksmedali ühepaadil sõudnud Kaspar Taimsoo.
Õpilastel on võimalus harjutada 1999.a. oktoobris valminud Paala Viilhallis, 2001.a. märtsis avatud uues Spordihoones ning 2005. aastast ka Maagümnaasiumi võimlas.
60 aasta jooksul on spordikooli lõpetanud 2373 noort. Traditsiooniliselt toimuvad pidulikud aktused kevadel.